.NET - LLamadas a funciones javascript desde .net

Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "ISV_Cancel", "ISV_Cancel();", true);

Si usas UpdatePanel

ScriptManager.RegisterStartupScript(this, this.GetType(), "recuperaFichero", "window.open('" + CurrentURL + "/WebControls/DispensadorFicheros.ashx?" + "ruta=" + ruta + "&nombre=" + nombreFichero + "' , 'window', 'toolbar=no' );", true);